जैसा कि अपेक्षित था, भारतीय मुसलमान नाराज़ हैं। देश में मुस्लिम आबादी लगभग 18 करोड़ है, जो इंडोनेशिया और पाकिस्तान के बाद दुनिया की तीसरी सबसे बड़ी आबादी है। कश्मीर के अलावा, पश्चिम बंगाल, केरल, असम, बिहार, उत्तर प्रदेश, तेलंगाना, झारखंड और बांग्लादेश की सीमा से लगे उत्तर-पूर्वी राज्यों के कुछ हिस्सों में मुस्लिम आबादी अच्छी-खासी है। विपक्षी दल स्वाभाविक रूप से नाराज़ हैं क्योंकि सीएए विशेष रूप से 2014 से पहले मुस्लिम प्रवासियों को लक्षित करता है। बहुत से लोग सरकार की इस प्रतिक्रिया को स्वीकार करने को तैयार नहीं हैं कि "सीएए प्राकृतिककरण कानूनों को रद्द नहीं करता है। इसलिए, भारतीय नागरिक बनने की इच्छा रखने वाले किसी भी विदेशी देश से मुस्लिम प्रवासियों सहित कोई भी व्यक्ति मौजूदा कानूनों के तहत इसके लिए आवेदन कर सकता है। गृह मंत्रालय ने जोर देकर कहा कि यह अधिनियम "किसी भी मुस्लिम को, जो इस्लाम के अपने संस्करण का पालन करने के लिए पाकिस्तान, बांग्लादेश और अफगानिस्तान में सताया गया है, मौजूदा कानूनों के तहत भारतीय नागरिकता के लिए आवेदन करने से नहीं रोकता है।"

इंडियन यूनियन मुस्लिम लीग (आईयूएमएल) पहले ही सरकारी अधिसूचना को चुनौती देते हुए सुप्रीम कोर्ट जा चुकी है और इस बात पर जोर दे रही है कि यह अधिनियम "प्रथम दृष्टया असंवैधानिक" है। आईयूएमएल इस अधिनियम को चुनौती देने वाली सर्वोच्च न्यायालय के समक्ष रिट याचिका दायर करने वाले समूह में एक प्रमुख याचिकाकर्ता है। इस अधिनियम की वैधता को इस आधार पर चुनौती देने वाली 237 अलग-अलग याचिकाएँ हैं कि यह धर्म के आधार पर नागरिकता देने में भेदभाव करता है। अधिनियम का भाग्य अब पूरी तरह से सर्वोच्च न्यायालय पर निर्भर करता है।

कई लोगों का मानना है कि सीएए भारत के समानता और धार्मिक गैर-भेदभाव के संवैधानिक मूल्यों को चुनौती देता है। यह अधिनियम देश के मानवाधिकार दायित्वों के साथ असंगत है। जबकि 1955 के नागरिकता अधिनियम ने सभी गैर-दस्तावेजी प्रवासियों को भारतीय नागरिकता प्राप्त करने से प्रतिबंधित कर दिया है, सीएए चयनित आप्रवासियों के लिए नागरिकता मार्गों को तेजी से ट्रैक करता है, विशेषकर असम, मेघालय, मिजोरम के आदिवासी क्षेत्रों और त्रिपुरा और 'इनर लाइन' विशेष परमिट क्षेत्र के अंतर्गत आने वाले क्षेत्र में रहने वाले लोगों को छोड़कर, ताकि उन्हें उनके मूल देशों में निर्वासन और कारावास से विधायी सुरक्षा प्रदान किया जा सके।

दिलचस्प बात यह है कि सीएए को अंततः राष्ट्रपति की मंजूरी मिलने से पहले, 2019 में सरकार द्वारा की गयी कार्रवाइयों की एक श्रृंखला यह धारणा दे सकती है कि अन्य प्रशासनिक निर्णयों के साथ इस अधिनियम का इस्तेमाल अवैध मुस्लिम प्रवासियों के खिलाफ एक हथियार के रूप में किया जा सकता है। उदाहरण के लिए, जून 2019 में, सरकार ने देश में विदेशी न्यायाधिकरणों की स्थापना को सक्षम बनाया। इसमें राष्ट्रीय नागरिक रजिस्टर (एनआरसी) के तहत सभी भारतीय नागरिकों की एक सूची बनाने की घोषणा की गयी। एनआरसी अपडेट का मतलब 1971 तक की मतदाता सूची के आधार पर नागरिकों के नाम सूचीबद्ध करने की प्रक्रिया है। एनआरसी 1951 में बनाया गया था। अज्ञात कारणों से, असम को छोड़कर, जहां 41 लाख निवासी थे, एनआरसी देश के अधिकांश हिस्सों में अप्रभावी रहा, और अभी तक ये निवासी रजिस्टर में दर्ज नहीं हैं। नये नियमों ने जमीन पर जिला कलेक्टरों द्वारा नागरिकता के आवेदनों की स्वतंत्र और स्तरीय जांच को खत्म कर दिया है, और आवेदकों को नागरिकता देने की बुद्धिमत्ता के बारे में राज्य सरकारों की सिफारिशों को भी खत्म कर दिया गया है। 2009 के नागरिक नियमों के तहत, केंद्र सरकार को नागरिकता प्रदान करने की प्रक्रिया में राज्य सरकारों से परामर्श करना आवश्यक था।

सीएए से पहले, देशीयकरण के माध्यम से भारतीय नागरिकता चाहने वाले किसी भी विदेशी नागरिक को पात्र बनने के लिए भारत में 11 साल बिताने की आवश्यकता होती थी। संशोधित अधिनियम 31 दिसंबर, 2014 से पहले मुस्लिम-बहुल बांग्लादेश, पाकिस्तान और अफगानिस्तान में धार्मिक उत्पीड़न से भागकर भारत आने वाले धार्मिक विश्वासों के एक चुनिंदा समूह के लिए नागरिकता आवेदन में तेजी लाता है। वे वैध वीजा या अन्य आवश्यक कागजात के बिना भी पांच साल में नागरिकता के लिए पात्र हो जाते हैं। सीएए स्वतंत्र भारत के इतिहास में पहली बार नागरिकता के लिए एक धार्मिक परीक्षण पेश करता है। तर्कसंगत रूप से, यह भारतीय संविधान के अनुच्छेद 14 का उल्लंघन करता है जो कहता है कि 'राज्य किसी भी व्यक्ति को कानून के समक्ष समानता और सुरक्षा से वंचित नहीं करेगा।' हालांकि, केवल सर्वोच्च न्यायालय ही अब यह तय कर सकता है कि सीएए संविधान का उल्लंघन करता है या नहीं।

गौरतलब है कि 26 जनवरी 1950 को भारत का संविधान लागू होने के सात दशक से भी अधिक समय बाद मुसलमान देश में धार्मिक विवाद के केंद्र में बने हुए हैं। हालाँकि हिंदू धर्म धर्मनिरपेक्ष देश का बहुसंख्यक धर्म है, यह आधिकारिक या राज्य प्रायोजित नहीं है क्योंकि भारत धर्म की पूर्ण स्वतंत्रता की गारंटी देता है। पिछले कुछ वर्षों में देश में कई मुस्लिम मुख्यमंत्रियों और दो राष्ट्रपतियों के रिकॉर्ड के बावजूद, समुदाय ने भारतीय मुसलमानों को सिविल सेवा, सेना और उच्च शिक्षा संस्थानों में उल्लेखनीय प्रतिनिधित्व करने के लिए आधुनिक शिक्षा को प्रोत्साहित करने के लिए बहुत कम काम किया है। इसके बजाय, मुस्लिम निकाय पुरातन धार्मिक शिक्षा और मौलवियों के निर्माण को प्रोत्साहित करते हैं। भारत के अल्पसंख्यक मामलों के मंत्रालय के एक बयान के अनुसार, देश में 2018-19 में 24,014 मदरसे थे, जिनमें से 4,878 गैर-मान्यता प्राप्त थे, हालांकि अनौपचारिक रूप से यह दावा किया जाता है कि केवल एक मुस्लिम धार्मिक संगठन, जमीयत उलेमा-ए-हिंद के पास उत्तर भारत में 20,000 से अधिक देवबंदी मदरसे हैं।

भारत की आबादी का लगभग 15 प्रतिशत हिस्सा होने के बावजूद, मुस्लिम समुदाय ने राष्ट्रीय संसद और राज्य विधानसभाओं सहित देश के विधायी निकायों में उचित प्रतिनिधित्व पाने के लिए बहुत कम प्रयास किया। संसद में उनका अनुपात ऐतिहासिक रूप से दो से 10 प्रतिशत के बीच रहा है। अब सीएए की व्याख्या भारत में मुसलमानों के उत्पीड़न की प्रक्रिया के रूप में की जा रही है। मुसलमानों को चिंता है कि सरकार नागरिकता रजिस्ट्री के साथ संयोजन में कानून का उपयोग करके उन्हें और अधिक हाशिए पर धकेल सकती है क्योंकि एनआरसी उन लोगों की पहचान कर सकता है और उन्हें बाहर कर सकता है जो अवैध रूप से भारत आये थे। इस प्रकार, सत्तारूढ़ दल के चुनाव पूर्व एजेंडे के रूप में सीएए का कार्यान्वयन इसे संदिग्ध बनाता है। (संवाद)